La Alcazaba de Loja fue utilizada por los árabes durante los siglos XIII y XIV como fortaleza defensiva de la invasión cristiana, fue conquistada por Fernando III el Santo, Pedro I el Cruel y los Reyes Católicos, en sucesivas etapas históricas, hasta caer definitivamente en manos cristianas.
En la actualidad se está acondicionado para albergar un museo de la ciudad.